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遂宁市MTHFRC677T基因多态性采用不同方法检测的效果比较

  2020-08-29    397  上传者:管理员

摘要:目的 采用TaqMan-MGB探针法与微测序法检测遂宁市女性亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)C677T基因多态性的分布特征,并进行比较分析。方法 选取到遂宁市中心医院进行孕前与孕期检查的无亲缘关系女性1972例作为研究对象,通过TaqMan-MGB探针法进行MTHFRC677T基因多态性检测,统计分析该地区MTHFRC677T基因多态性的分布特征,并与其他地区数据进行比较。另随机选择68例样本,以微测序法检测MTHFRC677T基因多态性,对其分布特征进行比较分析。结果 遂宁市女性MTHFRC677T基因CC型、CT型和TT型频率分别为42.9%、45.0%、12.1%,以CC型和CT型为主。遂宁市分布特征与昆明、德阳、湘潭地区基因型比较,差异均无统计学意义(P>0.05);与郑州、廊坊、烟台、延边、乌鲁木齐、镇江、荆州、惠州、淄博、临沂、武汉、广州、琼海、松滋、西安、尚志、郫县地区比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。TaqMan-MGB探针法与微测序法检测的分布频率具有高度一致性,CC型、CT型和TT型符合率均为100.0%。结论 遂宁市女性MTHFRC677T基因多态性分布不同于其他地区,具有地域特异性。微测序法技术准确、检测效率高,适用于临床实验室基因多态性的快速筛检。

  • 关键词:
  • TaqMan-MGB探针法
  • 临床实验
  • 亚甲基四氢叶酸还原酶
  • 单核苷酸多态性
  • 基因多态性
  • 微测序法
  • 快速筛检
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根据国家卫生健康委员会发布的《中国出生缺陷防治报告》显示,我国出生缺陷发生率约为5.6%,每年新增出生缺陷患儿约为90万例,增补叶酸后神经管缺陷发生率明显下降[1]。亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)是叶酸代谢中的关键酶[2],可使5,10-亚甲基四氢叶酸还原为5-亚甲基四氢叶酸,作为甲基的间接供体参与体内嘌呤、嘧啶的合成,以及DNA、RNA、蛋白质的甲基化。MTHFR基因具有多态性,其碱基突变可影响酶的活性,使叶酸代谢出现障碍。本研究拟检测遂宁市育龄女性MTHFRC677T基因多态性,了解其在遂宁市的分布特征,制定叶酸增补方案,为降低出生缺陷提供科学依据。同时,采用微测序法对一定数量的标本进行检测,以评价2种方法的一致性及微测序法的准确性,为实验室选择检测方法提供更多的试验数据。


1、资料与方法


1.1一般资料

选取2016年8月至2018年5月到遂宁市中心医院进行孕前与孕期检查的无亲缘关系女性1972例作为研究对象。

1.2方法

1.2.1仪器与试剂

MTHFRC677T基因检测试剂盒由深圳奥萨医疗有限公司和西安天隆科技有限公司生产;基因扩增仪为上海宏石医疗科技有限公司生产的SLAN全自动实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)仪,西安天隆科技有限公司生产的多通道荧光定量分析仪Fascan48E。

1.2.2检测方法

采集受检者2mL乙二胺四乙酸(EDTA)抗凝血,按照试剂盒说明书进行DNA提取,采用TaqMan-MGB法检测MTHFRC677T基因多态性。基因扩增反应条件:50℃2min,95℃2min,95℃15s,60℃1min,45个循环。另随机选择68例样本,采用微测序法进行基因多态性检测,试验步骤为取10μL全血加入样本稀释液,涡旋混匀;取2μL上样,将反应管置于40℃3min后,以6000r/min离心40s后上机,进行连接酶测序检测。

1.3统计学处理

对研究人群进行Hardy-Weinberg遗传平衡检验,采用SPSS19.0软件对所有试验数据进行统计分析。计数资料以率或构成比表示,组间比较采用χ2检验。P<0.05为差异有统计学意义。


2、结果


2.1Hardy-Weinberg平衡分析

对遂宁市女性MTHFRC677T基因位点的检测数据进行HardyWeinberg遗传平衡检验(χ2=0.05908,P=0.97089),检验结果符合Hardy-Weinberg遗传平衡,该样本具有区域群体代表性。见表1。

表1遂宁市女性MTHFRC677T基因Hardy-Weinberg遗传平衡分析

2.2遂宁市与其他地区女性MTHFR基因频数和频率分布的比较

遂宁市女性MTHFRC677T位点中,CC型基因占比为42.8%(845/1972),CT型基因占比为45.0%(888/1972),TT型基因型占比为12.1%(239/1972),其基因多态性分布情况与郑州、济源、廊坊、烟台、延边、乌鲁木齐、镇江、荆州、惠州、淄博、临沂、武汉、广州、琼海、松滋、西安、尚志、郫县地区比较,差异均有统计学意义(P<0.05),与昆明、德阳、湘潭地区比较差异均无统计学意义(P>0.05)。见表2。

2.3遂宁市与其他地区女性MTHFR等位基因频数和频率分布的比较

遂宁市女性MTHFRC677T等位基因与荆州、昆明、德阳、湘潭地区等位基因的分布频率比较差异均无统计学意义(P>0.05)。见表3。

表2遂宁市与其他地区女性MTHFR基因频数和频率分布比较

表3遂宁市与其他地区女性MTHFR等位基因频数和频率分布比较

2.4TaqMan-MGB探针法与微测序法检测MTH-FRC677T基因型分析

随机选择68例样本,分别采用TaqMan-MGB探针法和微测序法检测MTHFRC677T基因多态性。检测结果显示,2种方法检测MTHFRC677T基因多态性具有高度一致性,CC型、CT型和TT型的符合率都为100.0%。见表4。

表4TaqMan-MGB探针法与微测序法检测MTHFRC677T基因多态性结果


3、讨论


MTHFR基因位于1号染色体1P36.3位置,其编码的MTHFR是叶酸代谢的关键酶,它使5,10-亚甲基四氢叶酸还原为5-甲基四氢叶酸,作为甲基的间接供体参与体内嘌呤、嘧啶和合成,以及DNA、RNA、蛋白质的甲基化。MTHFR基因具有多态性,存在3种基因型:CC型(野生型)、CT型(杂合突变型)、TT型(纯合突变)。该位点碱基突变可影响其酶的活性,使叶酸代谢出现障碍,导致新生儿神经管缺陷、唐氏综合征及唇腭裂等疾病的发病风险明显增高[21]。

本研究首次对遂宁市1972例女性MTHFRC677T基因位点多态性进行大样本调查,并与各地报道数据进行比较。结果表明,遂宁市MTHFRC677T基因型中CC型、CT型和TT型分别占42.8%、45.0%、12.1%,以CC型和CT型居多;C和T等位基因频率分别为65.4%和34.6%。TT基因型频率除高于惠州(10.9%)、广州(7.4%)、琼海(6.2%)3个地区外,都低于其他地区。TT基因型个体的MTHFR酶活性比正常个体下降60%~70%[6],可限制体内同型半胱氨酸向甲硫氨酸转化,增加出生缺陷的风险,应更加重视叶酸的补充。遂宁市MTHFRC677T基因型与昆明、德阳、湘潭地区比较差异无统计学意义(P>0.05),而与郑州、济源、廊坊、烟台、延边、乌鲁木齐、镇江、荆州、惠州、淄博、临沂、武汉、广州、琼海、松滋、西安、尚志、郫县地区比较差异均有统计学意义(P<0.05)。

本研究首次对TaqMan-MGB探针法与微测序法进行比较分析。TaqMan-MGB探针是在普通TaqMan探针基础上发展起来的一项技术,具有荧光本底低、分辨率更高、杂交特异性更强、重现性好、探针长度缩短等优点。原则上,只要有一个碱基突变,MGB探针就会检测到,其已被广泛应用于单核苷酸多态性(SNP)分析。微测序法是近年来发展的一种新技术,是基于连接酶介导的荧光探针技术(LMFP)所进行的药物相关SNP检测方法。通过设计相邻的2条探针,分别标记一个荧光基团和淬灭基团,在解链复性过程中,捕获目的靶基因。由于2条探针相邻且中间仅有一个裂口,如果完全匹配,通过连接酶就可顺利完成连接,使荧光信号发生转变,而仪器可及时捕获信号,对累计的信号进行判读。研究结果显示,采用TaqMan-MGB探针法与微测序法检测68例样本MTH-FRC677T基因多态性,CC型、CT型和TT型的符合率均为100.0%,说明2种方法具有高度一致性。微测序法可用于临床进行SNP分析。与微测序法比较,PCR法可省去核酸提取步骤,操作简单、方便、快捷,检测时间短,仅40~50min就可完成检测。本次研究仅分析了68例样本,样本量相对较少,有待于增加样本量进一步比较分析,以便更好地应用于临床。

本研究显示,基因多态性存在地域分布差异,与生活环境、饮食习惯和遗传因素相关,了解各地人群不同的基因多态性等遗传特征,有利于指导各地孕龄女性合理增补叶酸,减少出生缺陷的发生,提高人口素质。


参考文献:

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胥国强,康清秀.不同方法检测遂宁市MTHFRC677T基因多态性效果比较[J].现代医药卫生,2020(16):2541-2544.

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