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2019-2021年深圳市疑似病毒性腹泻门诊病例诺如病毒感染特征

  2024-10-02    57  上传者:管理员

摘要:目的 了解2019-2021年深圳市疑似病毒性腹泻门诊病例诺如病毒(NoV)的感染特征,为深圳市NoV的预防控制提供科学依据。方法 收集2019年1月-2021年12月深圳市病毒性腹泻监测平台上送的门诊疑似病毒性腹泻患者的粪便样品2 494份,采用诺如病毒(GI、GII型)双重核酸检测试剂盒检测NoV核酸,实时荧光PCR阳性样品进一步用特异性引物扩增后测序,并通过NoV在线分型网站进行基因分型,同时并对其流行病学资料进行统计分析。结果 2019-2021年深圳市NoV总体检出率为19.93%(497/2 494),各年检出率分别为22.50%、17.55%、18.90%。男性NoV检出率为21.12%(297/1 406),女性检出率为18.38%(200/1 088),男女NoV检出率差异无统计学意义(χ2=2.889,P>0.05)。15~<20岁组检出率最高,为31.25%(25/80),其余依次为1~<5岁组23.47%(134/571)、≥20岁组23.15%(254/1 097)、5~<15岁组19.05%(28/147)、6月龄~<1岁组14.55%(40/275)和0~<6月龄组4.94%(16/324)。2019年NoV无明显的感染高峰,2020、2021年NoV均在秋冬季形成感染高峰。2019、2021年分别有11、10份样品为NoV混合其他腹泻病毒感染。双重核酸检测结果显示,2019-2021年NoV均以GII型检出最多,分别占77.78%、79.31%、81.82%;少量为GI型和GII型的混合感染。进一步的基因分型结果显示,497份样品中共有420份样品获得测序分型结果,总计分型项数为435份,GII.4型为本地区门诊病例NoV的最主要流行株(48.97%,213/435),其次为GII.2型(12.41%,54/435)和GII.17型(9.43%,41/435),此外有GI.5型、GII.3型等15种基因型各有1~25份不等数量的检出。结论 深圳市疑似病毒性腹泻门诊病例NoV仍然维持较高的感染水平,且其在人群中感染的型别繁多,存在持续造成聚集性暴发的风险,应继续持续加强对NoV的监测工作。

  • 关键词:
  • 感染性腹泻
  • 病毒性腹泻
  • 真菌
  • 诺如病毒
  • 门诊病例
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全球5岁以下儿童每年约有18亿例次患感染性腹泻,约130万5岁以下儿童死于感染性腹泻`[1],亦不乏年长患者死于感染性腹泻的报道[2]。随着卫生条件的改善及安全饮水的普及,细菌、寄生虫及真菌等的感染性腹泻呈下降趋势[3],但并未引起以诺如病毒(norovirus,No V)为主的病毒性腹泻的感染率的下降,数十年来诺如病毒感染的疾病负担一直居高不下[4]。

No V属杯状病毒科诺如病毒属,为单股正链RNA病毒,其基因组长度约7.5 kb,包括3个开放阅读框(open reading frames,ORFs)。ORF1编码No V的非结构蛋白,ORF2编码衣壳蛋白,ORF3编码小结构蛋白。目前已知No V有10个基因组,不同基因组又包含多种基因型,其中感染人的主要是GI型和GII型[5];根据主要结构蛋白(VP1)的基因序列,可将No V的GI型和GII型进一步分为9个亚型和27个亚型。LINDESMITH等[6]研究显示,No V具有与流感病毒类似的变异机制,使其约2~3年就可能产生在全球流行的新毒株,从而使No V对宿主免疫具有很强的逃逸能力[7]。近20年,No V的GII.4毒株一直是引起全球急性胃肠炎暴发的主要病原,全球因No V引发的疫情中,有55%~85%均是由No V的GII.4变异株引起的[8]。但在某些地区的若干年度,非GII.4毒株也可能成为流行毒株。如2014年GII.17基因型在我国的香港、台湾、广东和江苏等地成为流行优势株[9];而2016年底GII.2基因型则在我国各地及德国、法国等欧洲国家广泛流行[10]。

虽然早期多数文献认为No V是引起婴幼儿腹泻的主要病原[11],但实际上所有年龄组人群均对No V普遍易感[12]。TURIN等[13]研究指出,在No V感染中,母传抗体对新生儿有较好的保护作用,但新生儿获得的母传抗体随年龄增长而迅速衰减,一般到6月龄已降至最低水平。No V的感染剂量低[14],除粪口途径外,还可通过气溶胶传播[15]。广泛人群易感使其在日常生活中通过污染水源、食品等途径造成社区或其他场所大范围传播[16],引起严重公共卫生事件的潜在风险。所以通过对门诊病例进行No V感染的持续监测,将有助于掌握本地区No V感染的基础数据及变化趋势,为No V暴发疫情的预防和控制提供科学依据。现将2019-2021年深圳市疑似病毒性腹泻门诊病例No V感染特征汇报如下。


1、材料与方法


1.1材料

2019年1月-2021年12月通过深圳市病毒性腹泻监测平台采集的疑似病毒性腹泻患者粪便样品合计2 494份。病毒性腹泻的定义为细菌培养结果为阴性,满足以下任一项者均为病毒性腹泻疑似病例:(1)每日排便3次或以上,且大便性状有改变(呈稀便、水样便等,但非粘液便或脓血便),大便常规镜检白细胞(white blood cell,WBC)<15,未见红细胞(red blood cell,RBC)的腹泻病例;(2)每日排便未达到3次,有大便性状改变和呕吐症状者;(3)每日排便未达到3次,以呕吐为主要症状者。

1.2病毒核酸的提取

取10~20 m L患者粪便样品,使用磷酸缓冲液将其稀释为10%~20%的粪悬液,旋涡振荡器振荡混匀后,8 000×g离心5 min。取200μL上清液,使用罗氏公司提供的High Pure Viral RNA Kit提取病毒核酸,提取方法参见试剂盒说明书。

1.3病毒核酸的检测

采用由深圳生科原生物有限公司提供的诺如病毒(GI、GII型)双重核酸检测试剂盒检测诺如病毒核酸,试剂配制及反应条件参见试剂盒说明书。双重核酸检测试剂盒的检测结果依据试剂盒说明书进行判定。将每份单独检出GI型阳性或单独检出GII型阳性的样品定义为检出一份No V阳性样品;若一份样品同时检出GI型阳性和GII型阳性,也只计其为检出一份No V阳性样品。

1.4 No V基因序列的测定与分析

挑选实时荧光RT-PCR结果为阳性的样品,采用特异性的分型引物,使用RT-PCR方法扩增病毒的基因片段,该片段包括病毒的衣壳区(C)。GI型的分型引物为MON432/G1SKR,GII型的分型引物为MON431/G2SKR[5]。RT-PCR的反应条件为:42℃反转录30min;95℃预变性15 min;95℃变性1 min,50℃退火1 min,72℃延伸1 min,40个循环;72℃再延伸10 min。扩增产物送上海生工生物工程公司测序。得到测序结果后,通过No V在线分型网站(Norovirus Typing Tool Version 2.0,https://www.rivm.nl/mpf/typingtool/norovirus/)对所获得的No V序列进行基因分型。

1.5统计学分析

使用Excel软件处理数据,率的比较采用χ2检验,P<0.05为差异有统计学意义。


2、结果


2.1 No V的检出情况

2.1.1不同年份No V检出情况

2019与2020年No V检出率比较差异有统计学意义(χ2=5.891,P<0.05);2019与2021年、2020与2021年No V检出率差异均无统计学意义(χ2=3.598、0.495,P均>0.05),见表1。

表1 2019-2021年深圳市No V检出情况[n(%)]

Tab.1 Annual detection of No V in Shenzhen,2019-2021[n(%)]

2.1.2不同性别No V检出情况

男女No V检出率差异无统计学意义(χ2=2.889,P>0.05);2019、2020年男女No V检出率差异亦无统计学意义(χ2=0.167、0.023,P均>0.05),2021年男女No V检出率差异有统计学意义(χ2=5.839,P<0.05),见表2。

2.1.3不同年龄组No V检出情况

6月龄及以下婴幼儿患者检出率最低,为4.94%,6月龄~<1岁年龄组患者检出率为14.55%;15~<20岁年龄组患者No V检出率最高,为31.25%;其他3个年龄组检出率比较接近,介于19.05%~23.47%,见表3。

2.1.4不同月份No V检出情况

2019年各月No V检出率变化较为平缓,虽无明显的感染高峰,但2019年10-12月各月No V检出率均高于1-9月。而2020、2021年均在1月有较高的检出率,2-9月检出率显著下降,10月起显著上升,形成秋冬季的感染高峰,见图1。

2.1.5 No V混合常见腹泻病毒感染情况

表2 2019-2021年深圳市不同性别患者No V检出情况[n(%)]

Tab.2 Detection of No V in patients of different genders in Shenzhen,2019-2021[n(%)]

所有样品除进行No V的检测外,还同时进行了轮状病毒、肠道腺病毒和星状病毒等常见腹泻病毒的检测。2019、2021年分别有11、10份样品为No V混合其他腹泻病毒感染,2020年无No V混合其他腹泻病毒感染。No V混合轮状病毒感染与No V混合肠道腺病毒感染各有8份,No V混合星状病毒感染有5份。

表3不同年龄组病毒性腹泻患者No V检出情况[n(%)]

图1 2019-2021年各月No V检出数及检出率

2.2 No V分型情况

2.2.1双重核酸检测试剂盒检测分型情况

2019-2021年均以GII型检出最多,分别占77.78%、79.31%和81.82%;2019、2020年GI型和GII型混合感染多于同年度的GI型阳性,2021年GI型和GII型混合感染则少于同年度的GI型阳性,见表4。

2.2.2 No V测序分型情况

497份样品中共有420份样品获得测序分型结果,其中GI型53份,GII型352份,GI和GII混合感染13份,两个GI型混合感染1份(GI.2和GI.5的混合感染),两个GII型的混合感染1份(GII.2和GII.4的混合感染),总计分型项数为435份。2019-2021年共检出7种GI型No V和11种GII型No V,其中GII.4型检出最多共213份,占比48.97%,且在各年度中均是检出最多的型别,是本地区门诊病例No V最主要的流行株;其次为GII.2型,占比12.41%;再次为GII.17型,占比9.43%。除上述3种型别外,其余15种型别检出数量介于1~25份之间,其中9种型别检出数量在5份及以下,显示本地区诺如病毒流行的型别众多,但除GII.4、GII.2和GII.17外,大多数型别的流行强度不高,属于零星散发,见表5~6。

表4双重核酸检测试剂盒检测的No V分型情况

表5 2019-2021年No V GI型的分型情况

表6 2019-2021年No V GII型的分型情况


3、讨论


众所周知,2020年起席卷全球的新冠疫情不仅对全球公共卫生造成有史以来最为严重的冲击,而且深刻地改变了整个世界的面貌[17]。近期部分国家出现的不明原因肝炎疫情和猴痘疫情提示[18-19],在全球应对新冠疫情的大背景下,不仅应该持续关注各种新发传染病,对各种再发传染病亦应继续予以深入的追踪研究。

深圳市疾病预防控制中心常规的病毒性腹泻监测工作在新冠疫情期间也受到一定程度影响,样品数量有所下降,但总体仍保持了监测工作的连续性,2020年监测样品量为新冠疫情前2019年的68.9%,2021年则达到2019年的90.9%。本研究总No V检出率为19.93%,与FARAHMAND等[12]报道的全球各地检出率基本吻合,但也有些地区No V检出率较低,如孟加拉一篇研究中检出率仅为5.1%[20]。本研究中2020及2021年No V检出率虽略低于新冠疫情发生前的2019年,但降幅并不显著。可见虽然社会生活各方面受新冠疫情影响严重,但作为主要以气溶胶及粪口途径传播的No V在门诊病例中的检出率并无显著下降,提示肠道传染病与呼吸道传染病应使用不同的预防策略;亦提示在全社会把工作重心放在应对新冠疫情的背景下,仍然有必要对诺如病毒等感染性腹泻病原进行持续的监测[21]。

本研究中各年男性No V检出率均高于女性,但总体男女检出率差异无统计学意义,显示不同性别对诺如病毒的易感性基本一致,与相关文献报道吻合[12]。此外,本研究显示各年龄均为No V易感人群,但婴幼儿可能受母传抗体保护,感染率较低,与DEY等[20]研究结果吻合。

本研究中2019年各月No V检出率变化较为平缓,而2020、2021年各月No V检出率变化则较大。其中2020、2021年秋冬季的感染高峰非常明显。研究指出诺如病毒对寒冷环境较为适应,而在干燥、高温的环境中则较难存活和传播;与此同时,秋冬季人们通常较多在封闭的室内活动,人际接触增多,也有利于诺如病毒的传播[20,22-23]。在秋冬季应重点加强对幼儿园、中小学、养老院等人员密集场所的清洁消毒,加强对相关场所的健康宣传教育工作,同时还应加强对水源和食物的监管,以减少和控制诺如病毒感染的发生[24-25]。感染性腹泻患者样品中常有检出两种及两种以上病原的情况[20],本研究共检出21份No V混合其他病毒性腹泻病原的情况,均为双重感染,无三重及三重以上混合感染的情况。有研究表明,不同病原之间可发生一定的协同效应,可能造成患者病情严重化。因此,应对混合感染的病例予以重点关注[26]。

本研究测序分型结果显示,3年来在深圳地区门诊病例中检出的No V基因亚型有18种,其中7种为GI型,11种为GII型,可见深圳地区No V感染的型别繁复多样,出现的型别多于上海、孟加拉、美国亚特兰大、北京、湖北、天津等地的报道[3,20,26-29],提示即使是在新冠疫情对社会经济生产、生活及人员流动造成严重影响的情况下,多种型别的No V仍然是本地区病毒性腹泻的重要病原。

在后新冠疫情防控时期,各级政府对各种新发、再发传染病的预防控制愈发重视。通过持续的监测,能够有效掌握本地区诺如病毒的型别构成及流行株的变化趋势,有利于为应对诺如病毒引发的暴发疫情提供科学依据,并有助于为诺如病毒疫苗的研发策略提供科学依据。


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基金资助:“十三五”国家科技重大专项(2018ZX10713001);深圳市科技计划项目(JCYJ20210324130215038,JCYJ20160428172437446);


文章来源:吴延杰,叶郁辉,张海龙,等.2019-2021年深圳市疑似病毒性腹泻门诊病例诺如病毒感染特征[J].热带医学杂志,2024,24(09):1307-1311+1321.

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